A intolerância ao café no estômago e nos intestinos pode provocar náuseas, vómitos, dores abdominais e outros sintomas.
O estômago e os intestinos de algumas pessoas são relativamente frágeis, algumas substâncias presentes no café estimulam o estômago e os intestinos, fazendo com que o doente produza sintomas de desconforto físico, náuseas, vómitos, diarreia, dores abdominais e outros sintomas gastrointestinais aparecem com mais frequência e de forma mais direta.
Um pequeno número de doentes pode também sofrer de desidratação causada pela diarreia, bem como de febre, que pode mesmo levar a sintomas mais graves, como tonturas, dores de cabeça, dificuldade em respirar e até choque.
Por conseguinte, após a ingestão de café, se o doente verificar que tem intolerância a um ou vários ingredientes do café, recomenda-se que evite a ingestão de café no futuro, de modo a evitar o reaparecimento de tais sintomas.