O hipotiroidismo neonatal, ou hipotiroidismo neonatal, refere-se à secreção insuficiente de hormonas da tiroide nos recém-nascidos, e as suas causas incluem o hipotiroidismo congénito primário e o hipotiroidismo secundário e temporário, pelo que o hipotiroidismo neonatal não é necessariamente um hipotiroidismo congénito. O hipotiroidismo congénito primário, ou seja, o hipotiroidismo congénito, é mais frequente na ausência, no subdesenvolvimento ou na glândula tiroide ectópica, ou seja, a glândula tiroide permanece no local anormal da tiroide durante a fase de descida, resultando numa tiroide ectópica que é parcial ou totalmente não funcional. O hipotiroidismo neonatal também pode ser observado secundariamente ao hipotiroidismo, como as lesões hipofisárias e hipotalâmicas, resultando em hipotiroidismo. O hipotiroidismo temporário também pode ser observado em recém-nascidos, por exemplo, quando a mãe tem uma doença da tiroide durante a gravidez ou um parto prematuro, que pode levar a um subdesenvolvimento temporário da glândula tiroide e a um hipotiroidismo temporário nos recém-nascidos. O hipotiroidismo nos recém-nascidos nem sempre é congénito, os sintomas de hipotiroidismo nos recém-nascidos devem ser consultados prontamente para determinar a causa da doença, sob a orientação do médico para tratamento.