Existem várias razões para as dores de cabeça menstruais: a primeira pode ser mental, por exemplo, algumas mulheres podem sentir nervosismo ou ansiedade habituais ou mesmo depressão nos dias que antecedem a menstruação, o que pode causar uma disfunção temporária do sistema neuroendócrino humano, levando a um aumento da secreção de neurotransmissores no cérebro e causando dores de cabeça e desconforto durante a menstruação. O segundo aspecto pode ser causado por problemas endócrinos nas mulheres, uma vez que o conteúdo hormonal no corpo das mulheres é muito mais elevado do que no dos homens, especialmente durante a menstruação, quando se verificam alterações substanciais nos níveis hormonais e grandes flutuações nos tipos de hormonas, o que pode ter um impacto adverso ou negativo na saúde mental das mulheres, causando consequências graves como distúrbios do sono, dores de cabeça e até ansiedade. O terceiro aspecto pode ser devido a uma lesão no cérebro que pode ser agravada durante a menstruação e as dores de cabeça desaparecem quando o período passa.