No processo de tratamento medicamentoso, os efeitos secundários são um problema que não pode ser ignorado, mas também um problema que preocupa particularmente os pais. Os medicamentos de primeira linha para o tratamento da PHDA, como o metilfenidato e a tomoxetina, têm efeitos secundários que não são significativos, e existem diferenças individuais, com algumas crianças a tomarem o período inicial de algumas reacções adversas, que geralmente não são graves, e outras não. Os efeitos secundários mais comuns são sobretudo reacções gastrointestinais, como náuseas, dores abdominais e perda de apetite. A utilização a longo prazo de doses terapêuticas do medicamento não afecta o crescimento e o desenvolvimento da criança, nem a sua inteligência, não sendo necessário rever a função hepática durante o período de toma do medicamento.