A estreptomicina pode ser utilizada como droga de escolha nas seguintes categorias de doenças: em primeiro lugar, doenças infecciosas, como infecções do tracto urinário, infecções do sistema digestivo, infecções pélvicas e intra-abdominais, geralmente como droga de escolha na gastroenterite aguda, colecistite, pancreatite, apendicite, etc. Também pode ser utilizada no sistema urinário, para cistite aguda, prostatite aguda, uso ginecológico pode ser utilizado como droga de escolha para doenças. Em segundo lugar, também pode ser utilizada como droga de escolha em doenças não infecciosas, tendo um forte efeito anti-bacilar nas infecções micobacterianas da tuberculina, como a tuberculose intestinal, a tuberculose pulmonar, a infecção por bacilo da peste e a infecção por brucela. Em terceiro lugar, a estreptomicina pode também ser utilizada como ducha, por exemplo, para duchas pélvicas e vesicais e como ducha para incisões após traumatismos, podendo ser o medicamento de eleição.