A maior parte da dispepsia funcional tem um bom prognóstico e pode ser bem controlada ou mesmo curada, mas há também algumas intervenções incorrectas que podem não ser curadas, pelo que é importante seguir os conselhos do médico a tempo para o diagnóstico e o tratamento.
Sendo uma doença gastrointestinal funcional sem lesões orgânicas, a dispepsia funcional tem um bom prognóstico e a maioria dos doentes pode ser eficazmente aliviada dos sintomas, controlar a progressão da doença ou mesmo curar-se após um tratamento abrangente atempado e normalizado.
No entanto, alguns doentes com uma evolução mais longa da doença, com condições subjacentes mais fracas e condições mais graves, se o tratamento não for atempado ou não for razoável, pode levar a uma doença prolongada, ou mesmo complicar a úlcera péptica, a doença de refluxo gastro-esofágico e outras doenças orgânicas, o que terá um efeito adverso a longo prazo na saúde física e mental dos doentes.
Por conseguinte, as pessoas a quem é diagnosticada a dispepsia funcional devem receber atempadamente um tratamento normalizado sob a orientação de um médico, a fim de obterem um bom prognóstico. Atualmente, os tratamentos habitualmente utilizados incluem o tratamento geral (como o estabelecimento de bons hábitos de vida e alimentares) e o tratamento medicamentoso (medicamentos habitualmente utilizados para inibir a secreção de ácido gástrico, como o omeprazol, e estimulantes gastrointestinais, como a mosaprida, etc.). Não se deve eliminar cegamente por conta própria para evitar consequências adversas.