Os quistos de chocolate de 5 cm podem ser removidos sem remover os ovários se a mulher tiver necessidades reprodutivas. No entanto, se a mulher tiver mais de 45 anos e também não tiver necessidades de fertilidade, se a medicação não for eficaz e se o quisto de chocolate continuar a crescer, pode ser considerada a ovariectomia.
A necessidade de remoção dos ovários num quisto de chocolate não está apenas relacionada com o tamanho do quisto de chocolate, mas também com factores como a idade da mulher e as suas necessidades de fertilidade. Normalmente, a ovariectomia não é necessária para quistos de chocolate com menos de 4 cm de tamanho, mas se a mulher tiver um quisto de chocolate com até 5 cm de tamanho, mas tiver necessidades de fertilidade, pode ser efectuada a remoção do quisto do ovário.
Se o quisto de chocolate de uma mulher atingir 5 cm, tiver cólicas menstruais evidentes, tiver tendência para aumentar de tamanho, tiver mais de 45 anos de idade e não tiver qualquer necessidade de engravidar, pode ser considerada a possibilidade de se submeter a uma cirurgia radical para evitar a recorrência da doença, que envolve a remoção cirúrgica do útero, dos ovários e das lesões visíveis a olho nu.
Para a mesma doença, em doentes com diferentes condições físicas e em diferentes fases da doença, os métodos de tratamento são diferentes e devem ser normalizados sob a orientação de um médico.