A conjuntivite bacteriana é muito comum em oftalmologia e para o tratamento desta doença, recomenda-se a selecção precoce de antibióticos sensíveis para controlar a inflamação. Os medicamentos mais utilizados actualmente disponíveis incluem gotas oftálmicas de tobramicina, gotas de cloridrato de levofloxacina, pomada para os olhos gatifloxacina e pomada para os olhos de ofloxacina. Nas fases iniciais da doença quando os sintomas são mais pronunciados, os colírios devem ser encomendados com a maior frequência possível, de 1 a 2 horas, e depois gradualmente reduzidos na frequência à medida que os sintomas diminuem até a doença voltar ao normal. A doença é contagiosa, por isso durante o período de tratamento e recuperação, é importante evitar o contacto com a infecção. É importante prestar atenção à higiene pessoal e grupal, evitar esfregar os olhos com as mãos, e preparar uma bacia e uma toalha separadas e não misturá-las com outras para que a doença não seja contagiosa.