A craniotomia é uma operação de grande envergadura. Os problemas inerentes à abertura do crânio são numerosos. O primeiro é o risco de hemorragia após a operação, uma vez que o corpo humano tem inúmeros vasos sanguíneos acima do crânio e cada 1 cm efectuado tem o potencial de danificar vários vasos sanguíneos. Por conseguinte, se a electrocoagulação não for adequada neste momento e se ocorrerem anomalias como a hipertensão arterial após a operação, existe o risco de hemorragia cerebral recorrente após a operação, o que pode ser fatal. Em segundo lugar, existe o risco de infecção intracraniana, uma vez que a cavidade craniana original é absolutamente estéril após a abertura do crânio. Se a cavidade craniana for aberta, é possível que as bactérias entrem no crânio nessa altura. Se os antibióticos pós-operatórios não forem aplicados prontamente e se forem observadas alterações no estado, as infecções intracranianas podem desenvolver-se facilmente e, se forem graves, podem ser fatais. Por isso, estas são também fundamentais para uma grande cirurgia, juntamente com uma série de outras complicações consequentes, como enfarte cerebral, epilepsia e uma série de outras condições. Tudo isto pode resultar numa experiência desagradável para o doente, bem como na morte, pelo que é importante levar isto a sério.