Existem vários métodos de teste para a E. coli: primeiro, testes de rotina às fezes mais testes de sangue oculto fecal. Se os resultados dos testes sugerirem uma infecção bacteriana, então é necessário aperfeiçoar uma cultura de fezes mais um teste de sensibilidade aos medicamentos para esclarecer melhor o tipo de bactérias infectantes e o tipo de antibiótico ao qual é susceptível, podendo assim ser utilizado como método de monitorização da E. coli. Em segundo lugar, o teste de secreção endócrina anal ou rectal também pode ser utilizado como meio de monitorização da E. coli como bactéria. Terceiro, a E. coli também pode ser encontrada noutras áreas, tais como a cavidade oral, estômago e vias respiratórias. Se na cavidade oral, um teste de secreções intra-orais pode detectar infecção por E. coli, e se no estômago, uma biopsia ao tecido do caso após a gastroscopia pode detectar E. coli. No caso do tracto respiratório, a cultura da expectoração mais o teste de sensibilidade aos medicamentos pode detectar a E. coli. Em resumo, a E. coli é normalmente detectada através de testes com amostras.