As cápsulas de flurofloxacina podem tratar a diarreia, mas não é necessariamente necessário tomar flurofloxacina para a diarreia. A flurofloxacina pertence à classe de antibióticos das quinolonas e é indicada para infecções bacterianas. A diarreia é medicamente conhecida como diarreia. Quando ocorre diarreia, é importante determinar se é uma diarreia infecciosa ou não infecciosa. A diarreia não infecciosa não requer antibióticos, enquanto que a diarreia infecciosa precisa de ser determinada como uma infecção bacteriana ou viral. A presença de glóbulos brancos nas fezes indica geralmente uma infecção bacteriana do intestino. Uma contagem elevada de glóbulos brancos nas fezes juntamente com os glóbulos vermelhos deve ser considerada disenteria. Um antibiótico de quinolonas, como a flurofloxacina, pode ser administrado nestes casos. Se não tiver fezes, pode também fazer uma análise ao sangue para ver se os seus glóbulos brancos e neutrófilos estão elevados. Muitos hospitais incluem agora também CRP (proteína C-reactiva) e amilóide sérico para ajudar a determinar se a infecção é bacteriana ou viral. Tenha cuidado ao tomar antibióticos com quinolonas. São contra-indicados em mulheres grávidas e lactantes e em doentes com menos de 18 anos de idade.