Tanto o HC2 como o HPV são métodos utilizados para detectar a infecção por HPV, mas existem algumas diferenças. Nos testes clínicos, é mais comum utilizar métodos morfológicos para detectar o HPV, que é o teste de HPV normalmente utilizado em ginecologia para informar se existe infecção por HPV e que tipo de infecção é, mas não existe um valor específico. O HC2, por outro lado, é um teste quantitativo, capaz de detectar 13 tipos de HPV de alto risco ao mesmo tempo, sem tipagem específica, mas informando apenas a quantidade de 13 tipos de HPV. A especificidade, valores preditivos positivos e negativos do HC2 são muito elevados, e tornou-se o padrão-ouro para vários testes de HPV, mas também tem certos inconvenientes porque não pode determinar a tipagem específica, mas independentemente de qual teste de HPV é utilizado Contudo, não importa qual o teste HPV utilizado, é ainda muito importante para o rastreio do cancro do colo do útero.