Os medicamentos para a tiroide incluem os antitiroideus e a tiroxina, que tratam o hipertiroidismo e o hipotiroidismo, respetivamente, e as doentes devem preparar-se para a gravidez sob supervisão médica. Se as doentes com hipertiroidismo tomarem medicamentos antitiroideus podem ter alguns efeitos teratogénicos no feto. Os medicamentos antitiroideus comuns (ATD) incluem o propiltiouracil, o metimazol, o carbimazol, etc. Os ATD são o tratamento de base para o hipertiroidismo, e recomenda-se a toma de propiltiouracil nas fases iniciais da gravidez para o hipertiroidismo, que tem pouco efeito no feto. As doentes com hipotiroidismo devem tomar hormonas tiroideias para manter a função tiroideia normal e preparar-se para a gravidez. As doentes com perturbações da tiroide devem ser tratadas e preparadas para a gravidez sob supervisão médica.