A gravidade da condição não pode ser julgada clinicamente apenas com base no valor de glutamil transpeptidase. O valor normal de glutamil transpeptidase não é normalmente superior a 54, e quando atinge 67 é apenas ligeiramente elevado. Isto pode dever-se a factores fisiológicos como o consumo de álcool e alimentos ricos em gordura, que não são graves e podem voltar ao normal por si sós após a remoção do gatilho e por vezes não requerem tratamento clínico. As principais doenças que causam um ligeiro aumento da glutamil transpeptidase são a hepatite aguda e crónica e a cirrose hepática. Quando estas doenças são estáveis, não causam consequências graves, mas se a doença progride rapidamente, podem causar insuficiência hepática ou hipertensão portal, levando a complicações graves como a encefalopatia hepática, síndrome hepatorrenal e hemorragia gastrointestinal superior, que podem pôr em perigo a vida do paciente. É claro que o cancro primário do fígado e as fases iniciais da doença obstrutiva biliar também podem causar um ligeiro aumento da transpeptidase glutamil. Embora os valores elevados não sejam significativos, os cancros primários do fígado, do ducto biliar e da cabeça pancreática são tumores muito malignos do sistema digestivo e têm um impacto muito significativo na sobrevivência do doente e são uma doença muito grave.