Amiodarona tem mais efeitos secundários. Efeitos secundários graves podem levar a bradicardia ou bloqueio de condução, ou em alguns casos, a hipotensão, e estes sintomas precisam de ser travados imediatamente. Como a bradicardia pode levar à paragem cardíaca se não for tratada, e a bradicardia pode agravar doenças cardíacas pré-existentes, os efeitos secundários são mais frequentes com administração intravenosa do que com medicação oral, e como o produto é metabolizado mais lentamente no organismo, os efeitos adversos duram mais tempo após a sua ocorrência. Embora os efeitos secundários cardiovasculares sejam mais pronunciados, outros efeitos secundários não devem ser ignorados e devem ser descontinuados se não se sentirem bem. A glândula tiróide pode causar hipertiroidismo e hipotiroidismo; a função digestiva pode causar obstipação, náuseas e vómitos; o sistema nervoso pode mostrar fraqueza muscular e a pele pode mostrar hiperpigmentação.