A preparação gastrointestinal é necessária antes da colonoscopia, ou seja, tomando laxantes por via oral para esvaziar o trato intestinal, geralmente o laxante usado é dispersões de eletrólitos de polietilenoglicol, somente quando o trato intestinal é esvaziado, a colonoscopia pode ser realizada para ver claramente a situação intestinal interna, para evitar erros de diagnóstico e omissão. Depois de tomar o laxante, aparecerão os sintomas de diarreia, desde o início da descarga do tipo de fezes, até que a descarga das fezes seja clara como água, a fim de preparar o trato intestinal. Se as fezes forem aquosas e amareladas, significa que os intestinos não foram limpos, pelo que não é recomendável efetuar o exame e continuar a tomar o laxante até que as fezes aquosas saiam e, em seguida, efetuar novamente o exame. A colonoscopia deve ser efectuada por um médico profissional.