O custo exato da cirurgia para o megacólon congénito varia consoante a abordagem cirúrgica, com a cirurgia a custar dezenas de milhares de dólares no total, com referência aos hospitais locais. As opções cirúrgicas incluem procedimentos cirúrgicos tradicionais, como a anastomose colorrectal de ponta a ponta, a anastomose lateral para o prolapso do cólon retrorrectal, bem como a cirurgia laparoscópica e a cirurgia transanal simples. Se a cirurgia radical não estiver disponível, pode ser efectuada através de colostomia, que custa cerca de 20.000 a 30.000 dólares, ou um total de cerca de 50.000 dólares se for utilizada a cirurgia radical. Também é necessário observar se a criança tem alguma complicação pós-operatória, como infeção e hemorragia, para determinar os custos posteriores. O megacólon congénito pode complicar-se com colite do intestino delgado, perfuração intestinal, etc., que podem ser fatais em casos graves. Por isso, quando se considera o megacólon congénito, é necessário procurar tratamento médico o mais rapidamente possível e consultar os encargos dos hospitais locais para o plano de tratamento em conjunto com o estado da criança.