Os efeitos secundários da capecitabina manifestam-se principalmente no sistema digestivo e nas alterações da mucosa da pele. No sistema digestivo, os principais efeitos secundários são reacções gastrointestinais reversíveis, incluindo diarreia, fezes não formadas, aumento da frequência das evacuações, dor surda, distensão ou cólicas no abdómen, bem como manifestações de gastroenterite, como perda de apetite, náuseas e vómitos. As alterações da pele e das mucosas, clinicamente conhecidas como síndroma mão-pé, manifestam-se principalmente por dormência, embotamento, sensação anormal, formigueiro e dor nas mãos e nos pés, inchaço da pele, eritema, descamação e até alterações da dermatite, como bolhas e pigmentação nas extremidades das mãos e dos pés. Outras reacções adversas gerais incluem mucosite, febre, fraqueza, sonolência, disforia, com casos isolados de dor de cabeça, sensação anormal, tonturas, insónia, palpitações, desconforto precordial, leucopenia e anemia, mas nenhuma delas é clinicamente grave.