Muitas doenças pediátricas são causadas por vírus, e os pacientes com infecções virais podem facilmente levar a infecções nosocomiais se não forem tratadas adequadamente, especialmente em pacientes pediátricos. Os medicamentos antivirais comuns incluem oseltamivir, paramivir e zanamivir para a gripe, aciclovir e ganciclovir para a pneumonia viral e encefalite, e alguns medicamentos chineses patenteados para a doença das mãos, pé e boca. Actualmente, não existem medicamentos virais específicos anti-intestinais. Se o interferão e a ribavirina forem aplicados, são eficazes, mas deve ser dada atenção aos efeitos adversos e à toxicidade reprodutiva da ribavirina. Se se utilizar medicina chinesa, o tratamento deve basear-se no princípio de limpar o calor e remover a humidade e desintoxicar a toxina, tais como Pu Di Lan, Healing New Solution, Liu Shen Wan, etc. O mais importante é prestar atenção às reacções adversas quando se utilizam medicamentos para crianças, tanto pelas suas próprias características fisiológicas como porque a maioria dos medicamentos utilizados em crianças não foram estudados clinicamente, pelo que muitas das instruções carecem de uma base para a sua utilização em crianças. Além disso, as principais reacções adversas aos medicamentos antivirais são reacções gastrointestinais, principalmente náuseas, vómitos, inchaço e diarreia, e reacções alérgicas, principalmente febre e erupções cutâneas. Para além disso, alguns medicamentos podem causar um aumento das transaminases. Antes de usar drogas antivirais, deve ser determinado se a infecção é causada por um vírus ou por que vírus, e se não for certo que vírus está a causar o problema, podem ser usadas drogas antivirais de largo espectro. Quando o diagnóstico é claro, a via de administração é determinada sintomaticamente de acordo com o local da infecção, e a dose e curso da medicação é determinada de acordo com a gravidade.