O prognóstico para a fase aguda da leucemia granulocítica crónica é extremamente mau e a sobrevivência é extremamente curta, normalmente não excedendo um ano antes da morte, pelo que o transplante alogénico de células estaminais hematopoiéticas é necessário na fase aguda da leucemia granulocítica crónica para potencialmente curar a doença. O TCTH alogénico é frequentemente dispendioso e tem uma certa mortalidade relacionada com o transplante, podendo ser seguido de doença do enxerto contra o hospedeiro, que pode ser ligeira ou grave, com casos graves de hemorragia gastrointestinal e insuficiência renal potencialmente fatais.