As biópsias gastroscópicas não têm de ser graves, pois são recomendadas pelos médicos a todos os doentes com sintomas gastrointestinais superiores não confirmados por vários exames. As biópsias gastroscópicas são realizadas para a análise de gastrite, pólipos, lesões pré-cancerosas, úlceras e lesões de cancro do pâncreas, especialmente em pessoas com mais de 40 anos de idade e em doentes com sintomas clínicos significativos. O objectivo de uma biopsia gastroscópica é determinar a natureza da lesão, se é benigna ou maligna. Se a lesão for benigna, não é grave e, com tratamento, não causará demasiados danos ao organismo. Por exemplo, se for observada uma pequena úlcera focal no seio do estômago à gastroscopia, o gastroscopista fará uma biópsia, normalmente retirando 3-4 grãos de tecido do tamanho de um grão de arroz, para identificar se a úlcera é uma lesão benigna ou maligna e, após o exame patológico, o diagnóstico é consistente com a doença ulcerosa crónica do seio do estômago, o médico pode efectuar um tratamento conservador com base no diagnóstico patológico.