Se a colonoscopia pode substituir a anoscopia, deve ser efectuada em função das diferentes doenças. A enteroscopia é adequada para diarreia inexplicável, hemorragia gastrointestinal, fezes com sangue, etc., ou se for necessário um diagnóstico claro quando se suspeita de colite crónica. Se o doente apresentar menos sintomas anais locais, a colonoscopia pode ser utilizada em vez da anoscopia. A anoscopia é um bom auxiliar no diagnóstico de hemorróidas internas, fissuras anais, sinusite, proctite e outras doenças. Quando há sangue nas fezes, dor abdominal baixa, urgência e peso e outros desconfortos, é necessário fazer anoscopia, diagnóstico claro e depois tratamento ativo. Se a dor local anal do doente for mais evidente, normalmente é necessário efetuar uma anoscopia e não uma enteroscopia. Ao fazer enteroscopia e anoscopia, é preciso relaxar e cooperar com o exame do médico.