O estrogénio tem vários efeitos secundários. Em primeiro lugar, o estrogénio pode estimular lesões endometriais. Nas mulheres, o estrogénio, o androgénio e a progesterona interagem uns com os outros e regulam-se mutuamente. Se o estrogénio for secretado em excesso sob a acção de drogas e da hipófise do corpo, o endométrio causará hiperplasia anormal sob a acção do estrogénio durante muito tempo, causando assim lesões no endométrio. Em segundo lugar, a exposição prolongada do útero ao estrogénio pode levar a fibróides, e a mama também pode ficar doente sob a acção do estrogénio, levando ao aumento da mama ou mesmo ao cancro da mama. Além disso, a suplementação com estrogénio tem o risco de causar trombose venosa e precisa de ser utilizada sob a orientação e monitorização de um médico.