Contra-indicações absolutas: (1) radioterapia prévia à parede torácica ou peito; (2) pacientes em gravidez; (3) microcalcificações difusas, suspeitas de malignidade; (4) tumores múltiplos, que não podem ser removidos numa única excisão completa para obter margens negativas; (5) ressecção intra-operatória de espécimes com invasão tumoral no bordo cortado. Contra-indicações relativas: (1) doença activa do tecido conjuntivo (especialmente escleroderma e lúpus); (2) tumores maiores que 5cm; (3) apenas invasão localizada de tumores nas margens da amostra; (4) pacientes com predisposição genética para o cancro da mama: as pacientes submetidas a cirurgia de conservação da mama terão mais probabilidades de ter recorrência na mama ipsilateral e mais probabilidades de ter cancro da mama na mama contralateral, pelo que é possível a mastectomia profiláctica bilateral. Para além das contra-indicações acima referidas, a cirurgia de conservação dos seios pode ser considerada para pacientes com cancro da mama, mas a cirurgia de conservação dos seios deve ser seguida de radioterapia.