Os imunossupressores e as hormonas, cujos efeitos secundários são maiores, não podem ser generalizados, a dimensão dos efeitos secundários dos dois, com a dosagem e a duração da medicação, não pode ser diretamente comparada. Efeitos secundários dos imunossupressores: a mielossupressão é o efeito secundário mais frequente dos imunossupressores, observada sobretudo na fase inicial do tratamento, podendo causar granulocitopenia ou deficiência; causar danos na função hepática, resultando em aminotransferases elevadas; prejudicar a função sexual, resultando em hipogonadismo, e pode ocorrer um pequeno número de infertilidade. Os imunossupressores podem também causar cefaleias, tremores nos membros, perturbações sensoriais e deficiências visuais, bem como outros efeitos secundários, e até levar à ocorrência de tumores secundários. Efeitos secundários das hormonas: a utilização prolongada de hormonas pode provocar a perda de cálcio, resultando em osteoporose; danifica a mucosa gástrica, o que pode provocar úlceras gástricas; a utilização de hormonas por pessoas fisicamente fracas, a capacidade de enfraquecimento do sistema imunitário, a resistência ao declínio, a facilidade de infeção por bactérias e vírus e a possibilidade de adoecer. A utilização prolongada de hormonas orais pode provocar efeitos secundários, como lesões da mucosa digestiva, osteoporose, osteonecrose da cabeça do fémur e síndrome de Cushing. Em geral, o risco de reacções adversas aumenta com o aumento do tempo e da dose da medicação. Os efeitos secundários dos imunossupressores e das hormonas estão relacionados com a dose da medicação e com o tempo de utilização, pelo que não podem ser diretamente comparados. Recomenda-se que os doentes sigam as instruções do médico após um diagnóstico claro, para evitar a auto-medicação, que pode ter consequências adversas.