Podem ser escolhidos diferentes métodos, como a ressecção aberta, a ressecção da raiz ou da ponta, a remoção da cápsula interna e o desbridamento da cápsula externa, de acordo com os diferentes tamanhos dos quistos hepáticos e com os sintomas. No caso de quistos hepáticos simples de grandes dimensões com sintomas, para além da punção e aspiração, abertura laparoscópica ou decapitação, o líquido intracapsular também pode ser aspirado por cesariana e a parede do quisto pode ser inactivada por álcool ou ressecção aberta da cavidade abdominal por faca de árgon. Os quistos localizados nas margens hepáticas ou salientes na cavidade abdominal com a ponta, podem ser diretamente pinçados da raiz ou da ponta, cistectomia, a operação é relativamente simples. Existem duas formas de cistos encapsulados hepáticos: remoção da cápsula interna e esfoliação completa da cápsula externa, ambas as quais devem ser esterilizadas com agente benzimidazol no pré-operatório. A primeira é menos invasiva, com complicações como fístula biliar residual, recidiva e implantação disseminada; a segunda evita o derrame de líquido cístico e a fístula biliar pós-operatória. Os doentes com quistos hepáticos devem ser revistos e orientados no sentido de procurarem assistência médica quando é necessária cirurgia, para minimizar os riscos e as complicações.