A apolipoproteína A1 está intimamente associada a doenças como a aterosclerose, a diabetes e a hiperlipidemia. A apolipoproteína é uma lipoproteína e é um teste obrigatório no rastreio de doenças cardiovasculares. A Apo A1 baixa é comummente encontrada nas seguintes doenças: 1. doença cardiovascular, quanto mais baixa a Apo A1, maior o risco de doença cardiovascular, pelo que a Apo A1 baixa é um factor de risco elevado independente para a aterosclerose. 2. as pessoas com Apo A1 baixa são propensas a diabetes, uma vez que as pessoas com diabetes têm níveis elevados de açúcar no sangue e distúrbios metabólicos, frequentemente acompanhados de dislipidemia, quando a Apo 3. está também associada à genética familiar, por exemplo, os doentes com baixos níveis de Apo A1 herdados na família são também susceptíveis de associação directa com aterosclerose, diabetes e hipertensão.