Há ainda uma grande diferença entre um endoscópio de cápsulas e um endoscópio normal. Como a pequena cápsula passa através do esófago muito rapidamente, por vezes parte do esófago não pode ser vista claramente. Além disso, como a cavidade do estômago é maior, a cápsula pode passar através da cavidade relativamente depressa, e pode falhar alguns dos cantos ou o chão do estômago. No entanto, o intestino delgado pode ser visto na sua totalidade e de forma abrangente, porque o intestino delgado é uma cavidade relativamente pequena e há menos hipóteses de falhar o diagnóstico, pelo que a gastroscopia da cápsula é utilizada principalmente para olhar para o intestino delgado. Existe também um gastroscópio em cápsula controlado, que permite que a cápsula seja controlada por controlo remoto a partir do exterior do corpo, de modo a que cada canto do estômago possa ser visto claramente. O gastro normal é principalmente um tubo inserido através da boca ou da narina, que é o gastroscópio transoral e o gastroscópio transnasal, respectivamente. Implica inserir um tubo e olhar para o estômago, assim como o bulbo do duodeno e o duodeno descendente. Este tipo de gastroscopia é um pouco mais extenuante, mas dá uma visão mais abrangente da cavidade do estômago. Também é possível fazer uma biopsia para exame patológico se forem encontradas quaisquer anomalias. Há ainda uma grande diferença entre o custo de uma gastroscopia em cápsula e uma gastroscopia regular. O custo de uma gastroscopia em cápsulas é de cerca de$4000+ num hospital terciário, enquanto que uma gastroscopia regular pode ser feita por$300+. Assim, se quiser ver o esófago, o estômago, o bulbo de duodeno e a descida do duodeno, recomenda-se uma gastroscopia regular, se o objectivo for olhar para o intestino delgado, então pode considerar uma gastroscopia em cápsula.