Há muitas causas de estenose anal. A primeira, a estenose anal congénita, nasce com um ânus menor e é uma anomalia congénita do desenvolvimento anorrectal. A segunda, estenose anorretal adquirida, é principalmente causada por trauma ou queimaduras, que por vezes provocam cicatrizes e resultam em estenose anorretal. A terceira, cirurgia anorectal, tal como após hemorróidas internas ou mistas, se a mucosa e a pele forem demasiado danificadas durante a operação e o agente esclerosante for injectado demasiado profundamente, isto pode levar a inflamação em redor do anorecto, o que pode causar cicatrizes e estenoses. Em quarto lugar, tumores malignos do recto, onde o rápido crescimento do tumor leva à compressão e infiltração, estreitando a luz intestinal. Existem, portanto, muitas causas de estenose anal.