A diferença entre defeitos do septo atrial e defeitos secundários do septo atrial é principalmente o tamanho do diâmetro do defeito e se a localização do defeito muda. Os defeitos do septo atrial e o forame oval patente são atualmente considerados defeitos cardíacos congénitos, mas existem diferenças na extensão e localização dos defeitos. A principal patogénese dos defeitos do septo atrial é a hipoplasia congénita do septo atrial, que resulta num tráfego anormal entre as aurículas esquerda e direita, e os defeitos secundários do septo atrial estão localizados atrás e acima do seio coronário. A comunicação interatrial é uma condição em que o septo atrial emite dois septos durante a 6ª e 7ª semanas de desenvolvimento embrionário, sendo o primeiro septo o septo primário e o segundo septo o septo secundário. O facto de o septo primário não se fundir com o septo secundário na fossa oval deixa um pequeno espaço chamado forame oval patente. O tamanho do defeito é geralmente pequeno, com um a dois milímetros de diâmetro, enquanto os defeitos do septo atrial são geralmente maiores, com até sete a oito milímetros de diâmetro. A localização do defeito do septo atrial é geralmente variável, enquanto a localização do forame oval patente é relativamente fixa. Se for feito um diagnóstico de forame oval patente ou de defeito do septo atrial secundário, recomenda-se que o doente seja tratado agressivamente por um médico.