A nefrite do LES é uma doença que dura toda a vida e o seu prognóstico está relacionado com as manifestações clínicas, a presença ou ausência de envolvimento multissistémico, as manifestações patológicas, etc., não podendo ser generalizado.
Os doentes com lesões renais ligeiras, especialmente os que não têm envolvimento multissistémico, podem ser mantidos em condições estáveis durante muito tempo se tomarem a medicação prescrita pelo médico e fizerem exames regulares.
Por outro lado, o prognóstico dos doentes com envolvimento de vários sistemas, patologia renal grave e doença ativa é pior. Atualmente, os medicamentos habitualmente utilizados para a nefrite lúpica incluem glucocorticosteróides, como o acetato de prednisona, imunossupressores, como a ciclofosfamida e o mertiomacrolide, e medicamentos mais recentes, como o belimumab. A medicação deve ser utilizada de acordo com a prescrição do médico e não deve ser utilizada isoladamente.
Os doentes diagnosticados com nefrite lúpica são aconselhados a dirigir-se a hospitais regulares e a seguir as instruções do médico para um tratamento normalizado, a fim de aliviar a sua condição e melhorar a sua qualidade de vida.