Existe um risco de sequelas após uma infecção por um novo coronavírus. As sequelas são sobretudo observadas em doentes com doenças graves e críticas, ao passo que na pneumonia ligeira e comum por neocoronavírus, o prognóstico é relativamente bom, sem sequelas significativas. Nos doentes em estado crítico, o tecido pulmonar pode estar danificado em vários graus devido ao grau mais grave da infecção. Neste caso, o doente pode ficar com uma tosse seca de vários graus e a tosse pode persistir durante algum tempo. Os doentes podem sentir aperto no peito, falta de ar ou mesmo hipoxemia e fraqueza após a actividade devido a alterações intersticiais ou fibróticas no tecido pulmonar. Nesta altura, o doente deve ser aconselhado a prestar atenção ao repouso, à oxigenoterapia e a exercícios adequados de respiração profunda. Uma vez que a resistência do doente está reduzida, ele é susceptível a outros agentes patogénicos nesta altura e pode ter outra infecção pulmonar. Os doentes com coagulação comprometida podem ter um risco acrescido de trombose venosa profunda dos membros inferiores e mesmo de embolia pulmonar. Alguns doentes podem também apresentar sequelas psiconeurológicas ou perda do paladar ou do olfacto.