Os cogumelos enegrecidos não devem ser consumidos para evitar intoxicações alimentares e reacções tóxicas graves como o choque. A cor normal dos cogumelos shiitake é geralmente castanha, se se considerar que o escurecimento dos cogumelos shiitake é causado por bolor e deterioração, os cogumelos shiitake não devem ser consumidos nesta altura. Se o escurecimento dos cogumelos for causado por deterioração, o corpo humano pode sentir dores abdominais, diarreia, náuseas, vómitos e outros sintomas de intoxicação alimentar após o consumo, e alguns pacientes podem também sentir choque, desidratação, febre e outras reacções tóxicas graves. Recomenda-se o consumo de cogumelos shiitake frescos e evita-se o consumo de cogumelos shiitake enegrecidos, a fim de evitar que o organismo sofra uma intoxicação alimentar. Além disso, os cogumelos devem ser guardados no frigorífico e a descoloração ou o odor dos cogumelos é frequentemente considerado como sendo causado pela deterioração dos cogumelos, o que deve ser evitado.