As crianças com conjuntivite que pestanejam frequentemente não têm estado bem, para determinar se a causa da doença não pode ser removida devido à utilização de medicação não é a causa correcta, recomenda-se que se esclareça a causa da doença e que, sob a orientação do médico, se utilize a medicação adequada. As crianças que sofrem de conjuntivite causada por pestanejar frequente devem ser tratadas atempadamente. A solução salina pode ser utilizada para enxaguar o saco conjuntival, tendo em atenção a força, para evitar danos no saco conjuntival. A conjuntivite nas crianças deve ser tratada de acordo com a causa da infeção. A conjuntivite causada por uma infeção bacteriana pode ser tratada com antibióticos, como o colírio de tobramicina e o colírio de levofloxacina, sob a orientação de um médico. Para as infecções virais, podem ser utilizados medicamentos antivirais, como o aciclovir colírio e o gel oftálmico de ganciclovir. Em caso de alergia, podem ser utilizados medicamentos anti-alérgicos, como o colírio de fumarato de emetina. Nos casos graves de conjuntivite, é necessária medicação sistémica, como a tobramicina, o aciclovir e a loratadina para a infeção bacteriana, a infeção viral e a alergia, respetivamente. Quando a causa da conjuntivite é eliminada, os sintomas de pestanejo frequente nas crianças desaparecem normalmente. Os pais devem supervisionar os seus filhos para que não esfreguem os olhos com as mãos e para que limpem as secreções oculares a tempo de evitar uma reinfeção. Quando as crianças sofrem de conjuntivite, é importante aderir ao tratamento e utilizar os medicamentos tal como prescritos pelo médico.