Normalmente não há reacção à utilização do nifurtimox, mas se for alérgico ao medicamento, pode sentir comichão local após a utilização. Se não houver prurido anterior e ocorrer prurido significativo após a utilização do medicamento, é necessário interromper imediatamente a utilização do medicamento e considerar a possibilidade de ser alérgico ao seu principal componente, o metronidazol. Em circunstâncias normais, pode ocorrer um aumento do corrimento após a utilização do medicamento, uma vez que uma parte do medicamento continua a sair, o que não é motivo de preocupação. É aconselhável utilizar o medicamento à noite, antes de ir para a cama, para que não derreta e escorra rapidamente devido à gravidade e possa permanecer no corpo durante um período de tempo mais longo, para que possa actuar melhor.