A investigação actual descobriu que a melatonina tem a capacidade de melhorar a qualidade do sono e prevenir insónia, mas também pode trazer complicações se usada de forma irregular e em doses elevadas, tais como sonolência diurna, tonturas e dores de cabeça. Além disso, a melatonina pode também estimular o abdómen e causar desconforto abdominal, enquanto que a melatonina pode também causar ansiedade ligeira, irritabilidade e alergias, bem como pensamento desordenado e uma sensação persistente de depressão mental. Além disso, os estudos actuais não confirmaram os efeitos da melatonina em bebés e crianças, pelo que acreditamos que a melatonina ainda é experimental para bebés e crianças. Existem também alguns relatos de que doses elevadas de melatonina podem afectar a ovulação e tornar a gravidez mais difícil, pelo que se pensa que a melatonina pode ter algum efeito na mente, pelo que é importante evitar actividades que requerem um elevado grau de agilidade e coordenação motora após a toma de melatonina.