Na grande maioria dos casos, a intolerância secundária à lactose recupera lentamente 4-6 semanas após o seu início. A maioria da intolerância secundária à lactose é causada por enterovírus como o rotavírus ou o norovírus. Quando estes enterovírus atacam o tracto intestinal das crianças, causam uma diminuição temporária da actividade da lactase no intestino, o que pode levar a uma intolerância secundária à lactose em crianças. Quando a intolerância secundária à lactose ocorre, as crianças podem ter fezes mais frequentes e aquosas e podem mesmo sofrer de desidratação e perturbações electrolíticas. Os sais de rehidratação oral podem ser utilizados para reidratar e repor os electrólitos, e a actividade da lactase voltará gradualmente uma vez resolvida a infecção viral.