Normalmente, a otite externa fúngica pode ser tratada com medicamentos antifúngicos tópicos. Os doentes infectados com otite externa fúngica devem, em primeiro lugar, limpar o canal auditivo externo com peróxido de hidrogénio a 3% ou soro fisiológico para remover os grumos e crostas de fungos e, em seguida, utilizar medicamentos antifúngicos tópicos, como o nitrato de miconazol, para eliminar o fungo. Os medicamentos antifúngicos podem ser administrados por via intravenosa em casos graves. Quando a pele do canal auditivo externo do doente está inchada e a escorrer, pode ser tratada colocando um pequeno tampão contendo solução de acetato de chumbo a 5% no canal auditivo externo, o que pode ajudar a absorção de pus no ouvido e ajudar na recuperação da doença, e o pequeno tampão tem de ser mudado 1 a 2 vezes por dia. Todos os medicamentos e operações acima referidos têm de ser realizados corretamente e de forma normalizada, sob a orientação de um médico, para evitar efeitos adversos. Os doentes devem ter o cuidado de manter o canal auditivo externo seco e limpo diariamente e não escavar os ouvidos com frequência. Os doentes não devem utilizar cegamente medicamentos antibióticos para evitar causar disbiose e resistência aos medicamentos.