A duração da vida após a cirurgia do septo atrial depende do estado do paciente e dos cuidados pós-operatórios, e deve ser analisada caso a caso. A cirurgia do defeito do septo atrial, conhecida clinicamente como reparação de defeito do septo atrial, é principalmente utilizada para pacientes diagnosticados com um defeito do septo atrial. No caso de defeitos atriais simples precoces, com cuidados adequados após reparação cirúrgica e nenhuma outra doença subjacente, a esperança de vida do paciente não é geralmente afectada e é essencialmente a mesma que a de uma pessoa normal. No entanto, se um paciente com um defeito do septo atrial também sofrer de insuficiência cardíaca ou hipertensão pulmonar, o prognóstico para estes pacientes é muitas vezes pobre, com a possibilidade de insuficiência cardíaca aguda, arritmias malignas e mesmo morte súbita ainda presentes após a cirurgia, e a esperança de vida do paciente será muito afectada. Os pacientes são aconselhados a fazer revisões pós-operatórias regulares, tomar medicamentos conforme prescrito pelo médico, prestar atenção ao reforço da nutrição, evitar ficar acordados até tarde, fazer esforços, e abster-se de fumar e álcool.