O tamanho do defeito do septo atrial pode determinar a quantidade de fluxo sanguíneo, e a quantidade de fluxo sanguíneo também pode afectar a progressão da doença. O aumento persistente do fluxo arterial pulmonar pode levar à estase pulmonar, que por sua vez pode levar a uma diminuição da complacência vascular e a um aumento da carga de volume no coração direito, que com o tempo pode levar a uma hipertensão pulmonar orgânica. As manifestações clínicas de defeito do septo atrial não são geralmente óbvias na infância, mas à medida que o paciente envelhece, pode desenvolver dispneia de esforço característico com sintomas como fibrilação atrial, agitação atrial, e arritmias ventriculares. Além disso, alguns pacientes podem apresentar insuficiência cardíaca direita, como inchaço das extremidades inferiores e hepatoesplenomegalia. O sinal mais típico de defeito atrial é um sopro cardíaco distinto que pode ser ouvido na área da válvula pulmonar, ou seja, um segundo som cardíaco hiperactivo com uma divisão fixa.