Quando o tratamento da H. pylori se torna resistente, recomenda-se a realização de um teste de sensibilidade ao fármaco e a alteração do tratamento para um antibiótico relativamente sensível. Atualmente, a infeção por H. pylori é tratada principalmente com uma terapia quádrupla, ou seja, um inibidor da bomba de protões, como o omeprazol, mais um agente de bismuto, como o citrato de bismuto e potássio, mais dois antibióticos, como a amoxicilina e a claritromicina. A resistência da H. pylori aos fármacos é a principal razão para o insucesso da erradicação. Após o insucesso da erradicação, podem escolher-se antibióticos com uma taxa de resistência relativamente baixa, como a amoxicilina e a tetraciclina, para o tratamento, ou mudar de antibiótico de acordo com os resultados do teste de sensibilidade aos fármacos para a erradicação secundária. Durante o período de tratamento, deve seguir rigorosamente as instruções do médico para tomar os antibióticos a tempo e de acordo com a dosagem, e seguir as instruções do médico para uma revisão atempada após o fim do tratamento.