A necessidade de anestesia para a gastroscopia não pode ser generalizada e pode ser determinada pela condição física e pelas necessidades do doente. Alguns doentes sentem dores ou desconforto significativos durante o exame, como náuseas, vómitos, dores abdominais e inchaço, que são significativos e não podem ser tolerados. Nestes casos, será administrada anestesia. A anestesia é contra-indicada em doentes com hipertensão arterial, doença das artérias coronárias e outras doenças cardíacas, bem como em doentes com reacções alérgicas a anestésicos, dificuldade respiratória significativa ou grandes quantidades de material retido no estômago. Além disso, grupos especiais de pessoas, como os idosos ou outros jovens com boa tolerância, podem optar por se submeter a uma gastroscopia geral. Após uma gastroscopia, pode ocorrer dor ou desconforto na garganta ou outros sintomas gastrointestinais. Alguns deles podem ser aliviados por si próprios, caso contrário, deve procurar assistência médica.