Os princípios da anticoagulação para o flutter atrial são os mesmos que para a fibrilação atrial, com a necessidade de anticoagulantes para tratamento determinada pela pontuação CHADS2-Vasc. Este escore avalia o risco de trombose com base na presença de insuficiência cardíaca, hipertensão, diabetes, AVC, doença arterial periférica, bem como idade e sexo. Em geral, quanto mais comorbidades e quanto mais velho for o paciente, maior é o risco de trombose. Se a pontuação for 0, não é possível a anticoagulação; se 1, recomenda-se a anticoagulação; se 2 ou mais, a anticoagulação é necessária para prevenir a trombose. Recomenda-se a ablação por radiofrequência para o tratamento de flutter atrial e a anticoagulação a longo prazo não é necessária se for curável.