O café não é clinicamente recomendado para pacientes com desconforto na garganta, o que inclui condições como faringite aguda e laringite crónica. No caso de inflamação aguda, os pacientes que bebem café depois de este conter cafeína e outros factores que levarão a um fluxo sanguíneo mais rápido em todo o corpo levarão a uma congestão mais aguda na garganta, o que neste caso apenas agravará os sintomas e não proporcionará alívio. No caso de faringite crónica, porque o café é principalmente rico em açúcar e gordura, contém cafeína e manteiga de cacau, que são alimentos irritantes e podem levar a um aumento significativo da inflamação da garganta. O café contém factores vasoativos que causam stress oxidativo, levando a um aumento de catarro na garganta, aumento da exsudação da faringe, e tosse seca e outros desconfortos. Por conseguinte, o café não é recomendado para pacientes com desconforto clínico na garganta. Para pacientes com desconforto na garganta, é clinicamente recomendado beber sucos, bebidas e outras coisas semelhantes, beber mais água quente e evitar bebidas demasiado doces, demasiado salgadas e com alimentos estimulantes e afins.