A cistite infantil pode ser tratada com antibióticos de cefalosporina, sendo necessário seguir as instruções do médico. A medicação para a cistite infantil depende do estado, para as infecções bacterianas, pode tomar cefuroxima, cefaclor, etc., pode também tomar bicarbonato de sódio para moderar a urina alcalina, para os casos graves, os medicamentos orais podem não ser eficazes e têm de ser administrados por via intravenosa. No caso de causas não bacterianas, podem ser administrados analgésicos como o ibuprofeno, e o tratamento adequado pode ser administrado consoante a causa. É importante notar que estes medicamentos devem ser utilizados sob a supervisão de um médico e estão contra-indicados em casos de alergia. Além disso, as crianças devem beber muita água, urinar regularmente, fazer uma dieta leve, prestar atenção à higiene perineal e evitar o contacto com substâncias irritantes.