A duração do tratamento dos quistos de chocolate ovarianos depende do tamanho do quisto, se é unilateral ou bilateral, da idade do paciente, e se o paciente tem requisitos de fertilidade. Se o quisto do chocolate ovariano tiver menos de 4cm de diâmetro e o doente não tiver sintomas nem requisitos de fertilidade, pode ser temporariamente observado. Se o quisto de chocolate do ovário tiver >4cm de diâmetro, recomenda-se a cirurgia para remover o quisto de chocolate do ovário. Contudo, se o paciente tiver requisitos de fertilidade e for estéril, não se recomenda a cirurgia para remover o quisto do ovário e pode ser considerada após a recuperação do óvulo. Se o quisto do chocolate ovariano for >4cm e a paciente não tiver quaisquer requisitos de fertilidade, a remoção laparoscópica do quisto deve ser realizada cerca de 7-8 dias após a menstruação. O plano de tratamento para quistos de chocolate ovarianos é relativamente complexo e não apenas após a cirurgia, uma vez que a taxa de recorrência é elevada e muitas vezes a cirurgia ou o tratamento de perfuração é seguido por medicação para prevenir a recorrência. A medicação exacta utilizada para prevenir a recorrência depende de a paciente ter ou não mais requisitos de fertilidade e da sua idade. Se o paciente estiver próximo da idade da menopausa, pode ser possível prevenir a recorrência durante um período de tempo mais curto com o uso preventivo de alguma progesterona. Se o paciente ainda for relativamente jovem, por volta dos 40 anos de idade, pode ser recomendada medicação para a prevenção de recidivas na classe GnRH, que é recomendada durante 3-6 meses para prevenir a recidiva de quistos de chocolate.