Normalmente, a população em geral paga do seu bolso as gastroenteroscopias efectuadas em regime ambulatório. Se tiver um seguro de saúde, pode ser reembolsado pela gastroenteroscopia geral durante a hospitalização, enquanto os medicamentos anestésicos para a gastroscopia indolor têm de ser pagos do seu bolso. O custo da anestesia e dos medicamentos para a gastroscopia indolor será pago do seu bolso, o que varia de região para região, podendo ser reembolsado em alguns locais. A gastroenteroscopia geral é simples, rápida e acessível, mas podem ocorrer vómitos e náuseas e o processo de exame pode ser afetado devido à intolerância de alguns examinandos. O preço de uma gastroenteroscopia normal varia normalmente entre 500 e 700 euros, podendo variar de hospital para hospital. A gastroenteroscopia indolor, que é mais confortável durante o exame, permite um exame cuidadoso por parte do médico, mas requer anestesia, que é mais cara, e a anestesia tem de ser paga do próprio bolso. No total, a gastroenteroscopia indolor custa cerca de 1 500 a 2 000 euros, devendo o utente consultar o hospital da sua área de residência para saber o preço exato. A autofinanciamento ou não da gastroenteroscopia deve ser analisada em conjunto com a situação individual e a situação do hospital, pelo que pode dirigir-se ao hospital ou ao centro de controlo médico para uma consulta pormenorizada.