Para determinar se uma criança sofre de encefalite, baseia-se principalmente nas manifestações clínicas da criança e nos exames auxiliares. Em primeiro lugar, se se tratar de encefalite por vírus herpes simplex, no início da doença, os doentes terão alterações óbvias de cefaleias, náuseas, vómitos e também ligeiras alterações da consciência e da personalidade, e alguns doentes terão hemiparesia, hemianopsia, hiperatividade e outros sintomas. No início da encefalite viral, os doentes tendem a ter ataques no verão e no outono. No início da doença, podem ocorrer sintomas sistémicos de infeção viral, como tonturas, dores de cabeça, dores musculares generalizadas e perda de apetite. A encefalite tuberculosa está associada a sintomas de toxicidade da tuberculose, como febre baixa, suores noturnos (transpiração anormal depois de adormecer e que pára depois de acordar), instabilidade mental, e pode ser acompanhada de febre, dor de cabeça, náuseas, vómitos e outros sintomas. O início de uma nova encefalite criptocócica é mais insidioso, com sintomas como febre, dor de cabeça, etc. À medida que a doença progride, haverá irritabilidade, perda de memória e, em casos graves, haverá perturbação da consciência. Em segundo lugar, para além dos sintomas clínicos, a meningite infantil deve ser combinada com o exame do líquido cefalorraquidiano, a tomografia computorizada ou a ressonância magnética para fazer um diagnóstico claro.