A hipóxia neonatal é curada, na sua maioria, em cerca de uma semana com tratamento ativo em caso de hipóxia ligeira, mas demora mais tempo em caso de hipóxia moderada ou grave. O tempo de recuperação da hipoxia neonatal depende principalmente da doença primária que causa a hipoxia. Se o bebé for um bebé de termo, a pneumonia infecciosa intra-uterina pode levar a um baixo nível de oxigénio no sangue, e a maioria recupera mais rapidamente após um tratamento ativo anti-infeção e com oxigénio. Se o bebé for prematuro, os pulmões não estão bem desenvolvidos e a hipoxia pode persistir por um período de tempo mais longo. Além disso, alguns recém-nascidos podem ter uma doença cardíaca congénita, como isquemia ventricular grave e canal arterial, que também pode causar uma baixa taxa de oxigénio no sangue, pelo que o problema cardíaco deve ser tratado ativamente antes de a baixa taxa de oxigénio no sangue poder ser corrigida. Em conclusão, existem muitas causas para a falta de oxigénio no sangue dos recém-nascidos e a maioria delas pode ser corrigida no prazo de uma semana após o tratamento ativo, estando o tempo exato de recuperação relacionado com a doença.