A hemoperfusão é um procedimento relativamente simples e leva menos tempo a realizar, mas tem alguns efeitos secundários. Os principais são a embolia, ou infecção secundária, e uma perda significativa de plaquetas após a hemoperfusão, mas também existem algumas complicações durante a operação. Por exemplo, a coagulação sanguínea do doente faz com que este perca muitas células sanguíneas, mas as complicações são relativamente poucas e menores e podem ser facilmente geridas. O caudal de perfusão é de aproximadamente 100-200 ml/min, o que não é particularmente elevado, mas apenas se a pressão arterial for relativamente estável, uma vez que é impossível assegurar um fluxo sanguíneo adequado quando a pressão arterial é demasiado baixa.